截至2023年5月，安慶醫藥高等專科學校設有醫學院、藥學院、護理學院、基礎醫學院、公共基礎學院、馬克思主義學院和繼續教育學院以及全國首創的臨床試驗科技學院(雙生谷臨床實驗科技學院)8個教學部門，有直屬附院、非直屬附院、教學醫院共21所，以及近200家校外實習實訓基地。

學校醫學類專業齊全，開設臨床醫學、中醫學、預防醫學、康復治療技術、中醫康復治療技術、公共衛生管理、醫學影像技術、醫學檢驗技術、藥學、藥品經營與管理、藥品生產技術、藥品質量與安全、中藥學、藥物制劑技術、生物制藥技術、食品檢驗檢測技術、護理、助產、老年保健與管理、視覺訓練與康復、眼視光儀器技術、生殖健康管理、健康大數據管理與服務、藥膳與食療、化妝品質量與安全、醫用材料與應用等31個普通專科專業，與安徽醫科大學聯合開設護理學、藥學、康復治療學和中藥學4個專升本本科專業。有國家級骨干專業1個（藥品質量與安全），省級示范特色專業5個（藥學、護理、康復治療技術、臨床醫學、藥物分析技術），擁有“三全育人”試點學院2個。近年來，學校招生就業兩旺,本專科在校生達1萬余名。

安慶醫藥高等專科學校的歷史追溯到1943成立的“安徽省省立立煌高級助產護士職業學校”。

1943年，安徽省“省立立煌高級助產護士職業學校”建立。

1945年，開辦藥劑專業，開安徽省藥學教育之先河，易名“安徽省立煌高級醫事職業學校”。

1946年，學校隨省政府遷至合肥，改名“安徽省立高級醫事職業學校”。后因校舍不適用，又遷到安慶，更名“安徽省立安慶高級醫事職業學校”。

1952年，定名“安徽省安慶衛生學校”。

1958年，經安徽省人民委員會批準，成立安慶醫專，與安慶衛校兩校一址，對外兩塊牌子。

1962年，安慶醫專停辦。

1966年，受文革沖擊，學校停止招生。

1972年，恢復辦學。

1977年，恢復中專統招制度，學校迎來快速發展的新時期。

1990年，全省衛生中專學校辦學評估，居全省14所中等衛生學校之首。

2000年，安徽省人民政府確定學校為省重點中專學校。

2004年，國家教育部授予國家級重點中等職業學校。

2007年3月，經國家教育部和安徽省人民政府批準，由安慶衛生學校獨立升格為安慶醫藥高等專科學校。

2011年，學校響應黨中央支援西部大開發與民族團結的號召，承辦內地新疆中職班。

2015年，作為北京大學繼續教育學院安慶學習中心，承辦藥學、護理學本科專業。

2020年，成為安徽省內專科學校中首批“專升本”培養單位，與安徽醫科大學聯合舉辦4個本科專業。

2022年2月，獲批安徽省地方技能型高水平大學建設單位。8月，安慶秉風康復醫院成為學校附屬醫院。

2023年1月，安慶市第二人民醫院成為學校附屬醫院。

以上信息源自官網，數據截止至2023年7月，請以官網為準！