截止至2023年6月，福建衛生職業技術學院內設機構26個，其中黨政管理機構14個，教學機構9個，教輔機構3個。

學校現有全日制高職在校生11698人，專業29個，覆蓋醫學及醫藥相關專業，形成了醫、藥、護、技、管5個專業群。與7所中職學校開展8個專業聯合辦學，與福建醫科大學開展臨床醫學全科醫學方向、醫學檢驗技術、醫學影像技術等3個專業高職本科貫通人才培養項目，構建起“中職—高職—應用本科”縱向融通的現代職業教育體系。護理、藥學、臨床醫學、醫學檢驗技術等4個專業列入全國高等職業教育創新發展行動計劃骨干專業，藥學、醫學檢驗技術等2個專業群入選省級高水平專業群建設項目，護理、藥學、醫學檢驗技術、醫學影像技術、助產、中藥等6個專業列入省高等職業教育示范專業，母嬰與老年健康照護、臨床醫學、藥學和醫學技術等4個專業群獲批省級服務產業特色專業群，醫學美容技術、口腔醫學、助產和醫學檢驗技術等4個專業列入省級創新創業教育改革試點專業，護理、眼視光技術等2個專業列入省級產教融合示范專業，藥學專業獲批全國首批健康服務類示范專業點，眼視光技術、中藥、康復治療技術、醫學影像技術（放射治療技術方向）等4個專業獲批福建省教育廳現代學徒制試點項目，藥學、中藥、護理、康復治療技術、醫學影像技術、醫學檢驗技術等6個專業獲批福建省教育廳“二元制”技術技能型人才培養改革試點項目。獲批老年照護等15個“1+X”職業技能等級證書制度試點項目、美容師等10個職業技能等級認定工種。

學校現有校內實訓基地12個，其中中央財政支持的高等職業教育實訓基地5個、福建省高等職業教育生產性實訓基地7個、福建省職業院校專業群實訓基地3個、福建省職業院校高水平專業化產教融合實訓基地2個；校外實踐基地170個，其中附屬醫院4個(福建省級機關醫院、聯勤保障部隊第九〇七醫院、建甌市立醫院、武夷山市立醫院);教學醫院38個（福建省立醫院、福建省腫瘤醫院、南平市第一醫院、寧德市醫院、莆田市第一醫院、龍巖市第二醫院、龍海市第一醫院、沙縣總醫院等）。

福建衛生職業技術學院的前身是創辦于1912年的福州馬高愛醫院附設看護學校。

2005年5月，福建衛生學校和福州衛生學校合并組建福建衛生職業技術學院。

2008年，學院以“優秀”等次通過教育部高職高專人才培養工作水平評估。

2016年7月，被省教育廳、省發改委、省財政廳正式確定為“福建省示范性高等職業院校”。

2016、2017連續兩年被省教育廳、省財政廳確定為福建省示范性現代職業院校建設工程A類培育院校。

以上信息源自官網，數據截止至2023年7月，請以官網為準！