截至2023年，福建生物工程職業技術學院設有7個教學系（院、部），設有23個高職專業，涉及生物與化工、食品藥品與糧食、醫藥衛生、公共管理與服務等四個大類，其中教育部骨干專業3個、教育部健康服務類示范專業1個、國家級教學改革試點專業1個、省級精品專業1個、省級示范專業2個、省級特色專業群1個，省級示范生產性實訓基地1個。藥學專業群獲批省級“雙高計劃”，康復治療類專業穩居全國前列。

福建生物工程職業技術學院的前身是創辦于1980年5月的福建醫藥學校。

1964年，省商業廳在福州湯井巷辦福州商業職業學校。設中藥專業、西藥專業各一個班。招收初中畢業生，學制4年。

1969年，專業隨學校停辦。

1979年4月，福建省醫藥公司在福州東門外溪口倉庫籌辦福建商業學校中藥材專業班，學制2年。

1980年5月，經省人民政府批準，在中藥材專業班基礎上成立福建醫藥學校。

1982年12月，國家撥款122萬元，按在校學生400人的規模，在福州洪山鄉中店村建新校舍，累計投資240多萬元，于1986年6月底竣工。

1987年4月，增設藥劑專業，招收初中畢業生，學制4年。

1988年8月，福建醫藥學校各專業全部招收初中畢業生，學制4年。

2005年5月，經福建省人民政府批準，在福建醫藥學校的基礎上組建福建生物工程職業技術學院。

2011年1月，通過高等職業院校人才培養工作評估。

2014年6月，“海洋生物制品福建省高校應用技術工程中心”獲得省教育廳批準立項。

2015年1月，福建省生物醫藥產業中試與檢測技術公共服務平臺”獲得省科技廳批準立項。8月，入選教育部首批現代學徒制試點單位，由省食品藥品監督管理局劃歸省教育廳。

2018年1月，立項建設的“海洋生物制品福建省高校應用技術工程中心”和“健康養老福建省高校應用文科研究中心”通過省教育廳核準驗收。6月，獲福建省院士專家工作站授牌。

2019年6月，福建生物工程職業技術學院入選教育部首批1+X證書制度試點院校。

2020年11月，獲批福建省首批職業技能等級認定試點院校。

2022年5月，入選教育部“一站式”學生社區綜合管理模式建設自主試點單位。8月，獲批成為第二批福建省養老服務人才實訓基地。

以上信息源自官網，數據截止至2023年7月，請以官網為準！