學院按照“適應需要、突出重點、發展優勢、循序漸進、服務社會”的原則，圍繞中醫藥及相關產業對人才的需求，設立藥學系、醫學系、護理系、健康管理系和思政與基礎部等教學系部，開設有中藥學、藥學、中藥材生產與加工、康復治療技術、中醫學、針灸推拿、醫學檢驗技術、口腔醫學技術、護理、藥品經營與管理、預防醫學、健康管理等共計十二個專業。

學院堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，全面貫徹黨的教育方針，落實立德樹人根本任務，以服務江西區域社會經濟發展為己任，以促進勞動者就業為導向，培養合格的中醫藥產業高素質技術技能型人才。不斷深化教育教學改革，深入開展產教融合，協同育人教育，努力把學院辦成江西省中醫藥產業高素質技術技能型人才培養基地，樟樹中醫藥產業應用技術推廣與研發中心，地方優秀傳統文化傳承創新的高地。

2023年3月16日，江西省教育廳發布《關于江西省2023年高等學校設置事項的公示》，江西樟樹中醫藥職業學院擬設置高校獲得通過。

2023年4月24日，《江西省人民政府關于同意設立江西樟樹中醫藥職業學院的批復》發布，同意設立江西樟樹中醫藥職業學院。