黑河珍稀水生野生動物國家級自然保護區由陜西省人民政府2012年3月5日批準設立省級自然保護區陜西的,批準文號:陜政函[2012]43號。國務院辦公廳于2016年5月2日批準建立國家級自然保護區,批準文號:國辦發〔2016〕33號。
黑河珍稀水生野生動物國家級自然保護區東至王家河安溝支流發源地、光頭山及就峪河的東支端;西至黑河上游太白山國家級自然保護區界及周至老縣城省級自然保護區界;南至周至國家級自然保護區界;北至西駱峪河雙合,與周至黑河濕地省級自然保護區毗鄰。
保護區以黑河主河道及其支流兩岸岸坡高歷史水位線劃定。保護區總面積4618.58 hm,其中核心區面積1408.44 hm,緩沖區面積1462.87 hm,實驗區面積1747.27 hm。
主要保護對象有秦嶺細鱗鮭、大鯢、多鱗鏟頜魚、渭河裸重唇魚、山溪鯢、秦巴北鯢、水獺等珍稀水生動物及其亞高山山澗溪流生態系統。
陜西黑河珍稀水生野生動物自然保護區地處周至縣境內的黑河流域,黑河發源于秦嶺主峰太白山,是秦嶺亞高山溪流生態系統的典型代表。其溪流特征是河床比降大,切割強烈;河面寬窄不一,水急潭多,河床底質多為渾圓狀漂礫及大塊礫石。河水清澈,水溫低,溶氧高,是喜急流、冷水性魚類及兩棲類的優良棲息場所。氣候屬暖溫帶大陸性季風氣候,垂直變化明顯。保護區平均氣溫12.1℃。生物資源豐富,現有魚類有5目7科28屬34種(亞種),藻類6個門23屬,浮游動物種類15種,大型甲殼動物和軟體動物7屬,水生昆蟲8屬。調查顯示,目前保護區水生野生動物資源明顯恢復,現存大鯢 3000余尾,秦嶺細鱗鮭40000余尾,多鱗鏟頜魚、秦巴北鯢資源非常豐富,水獺在2011年捕獲1尾。
陜西黑河珍稀水生野生動物自然保護區管理處由周至縣人民政府2003年3月20日正式批準設立,同周至縣漁政監督管理站一套人馬,兩塊牌子,編制10人。現有工作人員10人。保護區界限明晰,權屬清楚,基礎設施完備,已開展了較為有效的保護工作。現已成立保護站3處(就峪、沙梁子、厚畛子),珍稀水生野生動物救護中心1處(就峪)。保護區已開展管護工作8年有余。