1979年，曹文軒開始發表文學作品，其中短篇小說《弓》和《啞?！贩謩e獲得1982年《兒童文學》、《少年文藝》優秀作品獎。
1988年4月，他的短篇小說《再見了，我的小星星》獲得第一屆全國優秀兒童文學獎。1988年5月，憑借學術著作《中國八十年代文學現象研究》獲北京大學首屆青年優秀科研成果一等獎；同年10月，獲中國當代文學研究會第二屆文學評論科研獎。
1992年12月，曹文軒憑借長篇小說《山羊不吃天堂草》獲第三屆宋慶齡兒童文學獎金獎，并于次年2月獲中國作家協會全國兒童文學作品集評獎一等獎；1993年11月，短篇小說《藍花》獲冰心兒童文學獎新作獎。1995年2月，短篇小說集《紅葫蘆》獲中國臺灣《中國時報》1994年度十大童書獎及“好書大家讀”年度短篇小說類創作最佳獎，《山羊不吃天堂草》獲“好書大家讀”年度長篇小說類創作最佳獎。
1998年2月，中短篇小說《三角地》獲“好書大家讀”年度最佳少年兒童讀物獎，長篇小說《草房子》獲“好書大家讀”年度最佳少年兒童讀物獎，同年8月《草房子》獲第九屆冰心文學獎大獎，次年10月獲第四屆國家圖書獎；1999年10月，憑借長篇小說《紅瓦》獲第四屆國家圖書獎二等獎；1999年6月，憑借改編電影《草房子》獲第八屆中國電影童牛獎優秀編劇獎，同年10月，獲得第十九屆中國電影金雞獎最佳劇本獎。
2000年5月，長篇小說《草房子》再獲第四屆全國優秀兒童文學獎及第五屆宋慶齡兒童文學獎小說類金獎；同年電影《草房子》獲得第十四屆德黑蘭國際電影節評審團特別大獎“金蝴蝶獎”。
2002年9月，任中國作家協會兒童文學委員會委員。
2003年9月，當選為北京作家協會副主席。
2003年10月，長篇小說《根鳥》獲第六屆宋慶齡兒童文學獎佳作獎；2004年2月，提名中國安徒生獎；同年5月，獲得國際安徒生獎提名；同年10月，長篇小說《細米》獲中國作家協會第六屆全國兒童文學獎；2005年12月，長篇小說《青銅葵花》獲中國臺灣《中國時報》2005年十大好書，于次年3月獲“好書大家讀”年度長篇小說類創作最佳獎?！肚嚆~葵花》還獲了“五個一工程”獎、國家圖書獎、第七屆中國作協全國優秀兒童文學獎、冰心文學大獎。
2007年5月，成為中國作家協會第六屆全國委員會委員。
2010年11月，小說《黃琉璃》獲第八屆全國優秀兒童文學獎獎。
2013年12月，曹文軒登上2013第八屆中國作家富豪榜第27位。
2016年4月4日，曹文軒摘得國際兒童讀物聯盟（IBBY）2016年度“國際安徒生獎”；同年5月，他在《人民文學》雜志6月刊上全文發表長篇小說《蜻蜓眼》，該作于2017年12月獲得首屆“吳承恩長篇小說獎”。
曹文軒是一位有所追求的作家，他刻意追求給兒童文學以更大的表現力和感染力，努力使自己作品中的文學形象具有更豐富的審美內涵。曹文軒對提高作品內容和人物性格的豐富性和復雜性的嘗試無疑是值得重視的。（鄭開慧評）
曹文軒一直堅守著“追隨永恒”的美學承諾，反對咀嚼庸常的創作現實，通過自己的作品體證著人性智慧的高貴永恒。（王泉根評）
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