江蘇省海門中學創建于1912年(民國元年),時稱“私立海門中學”,其前身為“師山師院”,位于當時海門縣城東側的孔廟(即現學校校址)。
1916年,私立海門中學于在當時教育部注冊,成為備案的私立中學之一。時民國教育總長、中國近代教育家蔡元培先生親題《海門中學?!沸X?。
20世紀20年代,海門中學的校訓是“不弄玄虛,不翻花樣,辛苦干從頭,看有什么成績;也當徒弟,也算老師,呼應成一氣,勉之這種精神。
1927年至1932年期間,海門中學學生為追求真理、正義、民主,先后多次進行示威游行,掀起愛國學生運動,反對軍閥,反對帝國主義侵略,并聲援全國學生愛國運動。解放后,海門縣人民政府立“海門中學學生運動紀念碑”,以志紀念。
1949年1月,海門解放,南通專署指示原東南中學(1945年創辦于海啟兩縣解放區的海門中學分校)、校長成子祥帶領解放區的干部和黨員數十人,來海接收私立海門中學及縣立海門中學(創建于1941年2月)。合并后成立“蘇北南通區海門中學?!?。3月19日正式批準掛牌(以后此日作為校慶紀念日)。
1951年3月,學校更名為“蘇北海門中學”。
1954年,江蘇省人民政府正式確定海門中學為省屬中學,成為全省十四所中學之一,并正式命名為“江蘇省海門中學”,高中的招生范圍為海門、啟東、南通三縣。
1961年,學校被省教育廳列為江蘇省五年一貫制教育改革的十四所中學之一。
50年代與60年代,學校教育教學成績始終列江蘇省與南通地區前茅。
1978年,江蘇省政府將海門中學列入文革后恢復的中學。
1978年6月,季方先生重返母校,為母校師生題詞:“認真學習,加強團結,繼續革命,努力生產,為實現四個現代化而奮斗,愿與海中全體師生共勉之。”
1990年,學校通過省中學檢查驗收。
1998年,通過江蘇省示范性普通高中驗收。
2003年,江蘇省海門中學成為江蘇省普通高中。
江蘇省海門中學學生活動豐富,從1989年開始,“體育節”就與“藝術節”、“科學節”就成為了該校學生的三大傳統活動節日。高中三年,每年一大節,三年一循環,每節持續一個月,堅持“校園內外聯動、競技與普及相結合”的原則,既發展了學生的興趣和特長,又豐富了校園文化生活。
在2015年11月28日,以“夢想奔跑”為主題的江蘇省海門中學第九屆體育節開幕,在開幕式上有該校學生的花樣跳繩表演、校園足球展示、大型藝術團體操表演和南京航空航天大學航模隊的飛行表演。在為期一個月的體育節里,學生們還舉辦了各類體育活動、比賽,比如拔河比賽、田徑運動會、足球繞桿比賽、二十人二十一足跑”活動和顛球比賽等。