藤原佐為是日本平安時代的天才棋士，在宮中作為大君（即天皇）的圍棋老師一直下著自己熱愛的圍棋。在和另一位大君的棋師菅原顯忠對弈決定去留時，佐為發現對方作弊，欲揭穿他時卻被反咬一口。此舉打亂了佐為的思緒，導致他輸棋，并被冠以作弊的罪名趕出了京都。沒有其他謀生技能的佐為悲憤不已，兩天以后便沉水自盡了。（擴展閱讀見官方番外藤原佐為《千年放浪》）（據棋魂同好考證，佐為投河地點很可能是鴨川）。
但是，佐為仍未領悟他一直執著追求的“神之一手”，無法安心離去。他對圍棋的熱愛令他的靈魂附著在了一個棋盤上，就這樣度過了近千年的時光。
1836年，在因島，一個叫做桑原虎次郎的少年感知到了附在棋盤上的佐為靈魂的存在。少年被佐為對圍棋的執著感動，答應為佐為下棋。少年即后來日本圍棋史上著名的棋圣——本因坊秀策。秀策因染病英年早逝，佐為的靈魂再次沉睡在棋盤中。1998年12月，主角進藤光偶然翻出了他附身的棋盤，才再一次蘇醒。
做為靈魂體的佐為，只有進藤光能感知他的存在，他活在進藤光的意識中。雖然深愛圍棋，卻無法拿起棋子，只能通過進藤光的手，指導進藤光下棋。
在幫助進藤光考完歷史之后進藤光同意帶佐為去圍棋會所下棋。一人一魂在會所遇到了另一位與進藤光同齡的圍棋天才塔矢亮，并與他下了一局。雖然只是兩目的微弱劣勢，但是塔矢亮卻明顯地感受到對方并未全力以赴，對自己下了一盤指導棋。佐為深不可測的實力震驚了所有會所的客人們，也包括了一直苦無同齡對手的小亮。他在反思棋局的同時，一直期待與光再戰一局。在棋院附近，塔矢亮如愿找到了觀戰少年圍棋比賽而因出聲指點盤面被趕出來的光，但因為進藤光的失言，使得原本只是期待對手的塔矢亮憤怒得無以復加，在他執意挑戰下，二人再戰了一局。亮的步步緊逼使得佐為痛下殺手，最終以塔矢亮的慘敗收場。
由于佐為的影響，原本對圍棋一竅不通且也毫無興趣的進藤光慢慢喜歡上了圍棋，他一直沉睡的圍棋天賦漸漸蘇醒。升入初中后，小光參加了校際圍棋團體賽，佐為與窮追不舍自甘做三將的塔矢亮下了第三局。光在棋局中產生了自己來下的想法并付諸實施，但水平有限的他最后被小亮殺得大敗。深感失望的小亮重新堅定了考取職業棋士的決心而不再追逐進藤光的幻影，而光為了讓亮再次正視自己考取了院生。佐為成了進藤光的圍棋老師兼陪練，兩人雖然時有打鬧，但在圍棋中感到深深的快樂，小光也習慣了有佐為伴隨左右的日子。佐為則在指導進藤光的過程中，看著他的成長以及他身邊其他熱愛圍棋的孩子們的成長，深感欣慰。
為了讓佐為更無顧慮的下棋，在暑假，進藤光在網絡圍棋上注冊了“sai”（即“佐為”日語假名的羅馬拼音）的名字。佐為高超的技藝在網絡圍棋界掀起了一場風暴，甚至引起了多國職業棋士的重視，其中包括塔矢亮的父親塔矢行洋和曾經提攜過小光的緒方老師。（附注：有趣的是，在現實中的網絡圍棋世界也確實發生過一次類似的事件，2001年，一個ID為龍飛虎的神秘網絡棋士也曾在網絡上掀起了無邊巨浪，在與包括中韓兩國職業棋士，甚至一線棋士的對陣中，龍飛虎未嘗敗績，轟動了整個棋界，而其神秘性也是棋友們津津樂道的傳奇之一。）
網絡圍棋風波之后，進藤光托爺爺買來了棋桌和棋子，佐為開始跟小光對弈，在不斷的練習中幫助小光提高實力，小光在之后與其他高手的對弈中發揮出的水平讓佐為既擔心又驚喜：擔心的是小光經驗不夠，驚喜的是他時常能在被逼入絕境時變壞為好的手段。隨著時間的流逝，佐為對小光的棋藝慢慢放心，卻對自己沒有小光就無法跟別人下棋感到悲傷。他渴望著與高手對弈，特別是塔矢行洋。
進藤光成為職業棋士后的第一戰是與塔矢亮，但由于塔矢行洋突發心臟病入院，小亮未能參賽。小光去探病時得知行洋會在病房中下網絡圍棋，為圓佐為夙愿，力邀行洋與sai對弈。這場巔峰之戰在網絡圍棋界引發了軒然大波，無數職業與業余棋手觀戰。佐為棋高一著，以半目之差取勝，佐為釋然的同時，也深深感謝全力以赴的行洋。對局結束之后，從頭至尾在一旁觀棋的小光卻突然點出棋局末尾能夠令塔矢行洋反敗為勝的一步棋。佐為領悟到，神明讓他在人間滯留千年的時光，就是為了讓小光看到這一局棋。
就在這局之后，佐為開始發覺自己一直停滯的時間開始流動。作為印證，進藤光發現佐為附身的棋盤上血跡變淡了。佐為預知到他很快就要消失，并屢屢表現出焦慮。他希望能在自己尚在人間的日子里盡量多跟小光下棋，但小光并未放在心上，反而認為佐為在杞人憂天。在一個風和日麗的男孩節（2001年5月5日），在佐為近乎任性的要求下，累極了的小光勉強同意跟他下棋。就在這局對弈中，佐為在小光打盹的空隙消失了。
佐為的突然消失給了小光巨大的打擊，他瘋狂地跑到任何一個佐為可能去的地方尋找，但是一無所獲。他在棋院的資料室里偶然看到了秀策留下的棋譜，明白了佐為真正的實力，哭喊著求神明讓時光倒流到兩人初次相見的時候。他甚至認為是因為自己想下棋而不讓佐為下棋，才導致他消失的。他一度決定再也不下棋了，期盼佐為能原諒自己而回來。直到小光院生時代的好友伊角慎一郎邀請他與自己對局，在對局中小光無意間使出佐為曾經用過的招數，發現原來佐為早已深深融入了自己的棋中。他不禁淚流滿面，重新開始下棋，希望在圍棋中能再次見到佐為。
在結尾時，佐為出現在進藤光的夢中，他一言不發，只是靜靜聽著小光的敘述，最后微笑著將手中的折扇遞給小光，寓意將圍棋的衣缽傳承給他。夢醒后小光流淚了，他去買了一把折扇握在手中，決定為了自己和佐為的夢想繼續奮斗。
本因坊秀策【真實人物】：在棋魂中，是佐為常掛在口中的“虎次郎”（秀策乳名），佐為的第一任宿主，和佐為形影不離度過了26年的時光。（注：附身時間1836年夏-1862年9月3日）虎次郎一生都做佐為的手替佐為下棋，是佐為類似知己的存在。他染病而英年早逝，佐為悲痛不已。在和光一起時，佐為仍時常回想起虎次郎，這讓光很不高興。作為歷史人物的本因坊秀策，是日本圍棋三圣之一，有“執黑不敗”、御城棋十九連勝等等傳奇，具體請見詞條。
進藤光：佐為的第二任宿主，佐為陪伴光度過了兩年半的時光。（注：附身時間1999年12月至2001年5月5日）對光來說，佐為亦師亦友，又似寵物。在佐為消失之后，佐為成為了光心目中類似神明的存在，光更是全力捍衛秀策之名。
塔矢亮：在棋魂前半部分，佐為是亮追逐的目標。后半部分，亮致力于探尋進藤光和sai關系的真相。
塔矢行洋：佐為第二次回到人世宿命的對手，在北斗杯篇中，楊海問為什么秀策的亡靈（指sai）重回人世，行洋答：為了和我下棋。
緒方精次：緒方執著于sai的身份，強烈地想和sai下棋。
清少納言、紫式部【真實人物】：在棋魂中，佐為說曾教導她們圍棋。作為歷史人物的清少納言和紫式部，請見詞條。
天童丸：平安時代很喜歡纏著佐為玩的貴族小孩。見番外：藤原佐為《千年放浪》
葵姬：佐為在平安時代的好友。出現在未收錄于棋魂動畫版75集中的一集動畫，情節基本和64集慶長的花器一樣。
原作者堀田由美：佐為頑皮、可愛、帥，偶爾會散發出讓人害怕的氣息。當他出現在阿光的夢里時，表情雖然很沉穩，但在這本素描本里（見右圖，圖為棋魂完全版漫畫最終卷卷末的小畑健老師漫畫稿），還是保有頑皮的模樣。對阿光來說，佐為亦師亦友，又似……爸爸、媽媽、兄弟般的寵物（笑）。佐為消失時，阿光的失落感之強烈，可想而知。
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