魏格納起初研究天文學及氣象學,喜愛冒險,曾乘坐熱氣球參加耐空比賽,并曾經以52小時的成績打破當時最長的耐空紀錄(35小時)。
在第一次世界大戰時曾參軍并兩度負傷。他留意到非洲大陸西岸和南美洲東岸的海岸線很相似,因此推測大陸原本是相連的,1915年出版《大陸與大洋的起源》一書。
曾三次前往格陵蘭進行極地上層大氣及冰河學的研究及探險活動,并曾在北緯77度的冰上連續渡過兩個冬天。1930年11月,在一次前往格陵蘭的探險中死亡,享年50歲。后人為紀念他,月球及火星上有以他命名的隕石坑,小行星29227也是以他為名的。
1905~1906年,在林登堡航空氣象臺工作。
1906~1908年,參加丹麥探險隊。
1912~1917年,參加科赫-格林貝格探險隊,去格陵蘭考察。
1919年任漢堡海洋氣象臺理論氣象學部主任兼漢堡大學教授。
1924年,任格拉茨大學教授。
1929年,率探險隊第三次去格陵蘭考察,并在該島三千米高地上建立了考察站。
1930年11月,在歸途中于格陵蘭遇難身亡。
1912年魏格納提出關于地殼運動和大洋大洲分布的假說——“大陸漂移說”。他根據大西洋兩岸,特別是非洲和南美洲海岸輪郭非常相似等資料,認為地殼的硅鋁層是漂浮于硅鎂層之上的,并設想全世界的大陸在古生代石炭紀以前是一個統一的整體(盤古大陸),在它的周圍是遼闊的海洋。后來,特別是在中生代末期,盤古大陸在天體引潮力和地球自轉所產生的離心力的作用下,破裂成若干塊,在硅鎂層上分離漂移,逐漸形成了今日世界上大洲和大洋的分布情況。但這一假說卻難以解釋某些大問題,如大陸移動的原動力、深源地震、造山構造等。
魏格納在《大陸和海洋的形成》這部不朽的著作中努力恢復地球物理、地理學、氣象學及地質學之間的聯系——這種聯系因各學科的專門化發展被割斷——用綜合的方法來論證大陸漂移。魏格納的研究表明科學是一項精美的人類活動,并不是機械地收集客觀信息。在人們習慣用流行的理論解釋事實時,只有少數杰出的人有勇氣打破舊框架提出新理論。但由于當時科學發展水平的限制,大陸漂移由于缺乏合理的動力學機制遭到正統學者的非議。魏格納的學說成了超越時代的理念。
魏格納去世30年后,板塊構造學說席卷全球,人們終于承認了大陸漂移學說的正確性。由此可見到:一種正確的理論在其初期階段常常被當做錯誤拋棄或是被當做與宗教對立的觀點被否定,后期階段則被當做信條來接受。但無論如何,人們至今還紀念魏格納的,不是他生前冷遇與死后熱鬧,而是他畢生尋求真理、正視事實、勇于探索和不惜獻身的科學精神。
只有魏格納還孤獨地吟唱著自己的詩篇。1930年魏格納第三次深入格陵蘭島考察氣象時,不幸長眠于冰天雪地之中,年僅50歲,他的遺體在第二年夏天才被發現。
他離去的早了一點兒,因為德國的一艘科學考察船剛剛從大西洋回國,帶來了一個消息,在大西洋中間存在一條很長的洋中脊,那里有巨大的裂谷。憑著魏格納廣博的學識,他將有可能找到解決大陸漂移動力問題的方案,洋底的移動會提供大陸漂移的線索??上c這個消息永遠地隔絕了。
同許多超越時代的科學家一樣,他又出生得早了一點,未能等到他的學說被世人接受的一天。也許,只有人跡罕至的冰雪大陸,才能理解魏格納生前的孤獨吧。魏格納的靈魂被冰封在格陵蘭的積雪中,大陸漂移學說則被塵封在圖書館的書架上,無人問津。