門源站設2個站臺,4條到發線(含2條正線),最高集散人數300人,地下通道一座,寬10米。設有2臺自動售票機,4個人工售票窗口。
在蘭新高鐵開通一年的時間里,該站發送旅客超過一百萬人次。由于客流持續火爆,特別是門源油菜花旅游季期間,出現單日旅客發送量超過8000人次、接受量超過7000人次的情況,車站規模已不能滿足實際需要,門源縣人民政府和青藏鐵路公司正在協調改建門源站。
辦理旅客乘降;行李、包裹托運。不辦理貨運業務。上行鐵路火車站為大通西站,下行鐵路車站為軍馬場站。
門源站位于青海省海北藏族自治州東北部,作為青海省的北大門,門源美不勝收,旖旎風光孕育了特有的多民族文化。門源站設計以當地民族風情為靈感,納入雅致的雕花、柔和的線條、純美的顏色,旨在展示多姿多彩的伊斯蘭風情與人們對美好生活的執著追求 。
截至2015年3月,門源站布設有至門源縣浩門鎮城區的公交專線。公交專線由門源縣鑫通運輸有限責任公司經營,開通了兩條公交線路,先期投放了5輛加裝投幣箱的中型客車,首班車營運時間為08:00,末班時間為22:00,票價為3元,日開行約25個班次。
2009年11月,蘭新高速鐵路開建,線路經青海省海北藏族自治州門源回族自治縣境內設門源站。
2014年11月,門源站完成主體建設工程;12月24日,門源站隨蘭新高速鐵路的建成通車而投入運營。
2019年,青海省發改委下達項目可研批復,投資對門源高鐵站進行改擴建,在既有門源站房南側廣場新建站房,青藏集團公司為建設單位,中國中鐵六局集團有限公司為中標施工單位。
2020年5月,開始聯手啟動對原有門源高鐵站進行的改擴建工程。
2021年7月1日,門源高鐵站改擴建工程正式啟用。