中國醫學科學院成立于1956年，北京協和醫學院成立于1917年，中國醫學科學院北京協和醫學院自1957年起實行院校合一的管理體制，是我國最高醫學研究機構和最高醫學教育機構。院校始終牢記初心使命，以引領我國醫學科技教育發展和維護人民健康為己任，教育人才輩出，科研碩果累累，醫療領銜行業，為我國現代科學醫學體系的建立和發展做出了重要貢獻。

建立之初，北京協和醫學院開創了我國八年制醫學教育、高等護理教育、住院醫師培訓制度和現代公共衛生教育，取得了“北京猿人研究”“單體麻黃素提取”“黑熱病研究”等一系列重要成果；中國醫學科學院在脊髓灰質炎疫苗研發、全國控制和基本消滅麻風病、根治絨毛膜上皮癌化學療法的創建與推廣、我國抗生素自主研發和工業化生產等方面做出了創造性貢獻。

作為集醫教研產為一體的國家級綜合性醫學科學研究機構，北京協和醫學院擁有多個國家“雙一流”建設學科、一級學科博士學位授權點，在教育部第四輪學科評估中有多個A類學科；還擁有多個國家級重點實驗室、國家臨床醫學研究中心、其他國家級科研基地等。院校直屬醫院有北京協和醫院、阜外醫院、腫瘤醫院、整形外科醫院、血液病醫院和皮膚病醫院等，集醫院、研究所和教學機構于一體，形成了國內外聞名的醫療、教學和科研緊密結合的醫療服務體系。

1917年9月，由美國洛克菲勒基金會幫助建立北京協和醫學院，開辦醫預科，附屬醫院為北京協和醫院。

1919年10月，開辦醫學本科，學制為八年制。

1920年，開辦護士學校。

1929年，學校被國民政府教育部改名為私立北平協和醫學院。

1930年，協和醫學院獲中華民國教育部認可立案。

1942年初，協和醫學院被日軍占領而被迫關閉。

1945年，中華醫學基金會與協和醫學院校董事會派代表從日軍手中收回全部校產，重建協和醫學院，并于1947年10月第一次復校。

1949年9月，復稱北京協和醫學院，由中央人民政府接管。

1950年，學校停止招生。

1951年，學校更名中國協和醫學院。

1957年，學校并入中國醫學科學院。

文化大革命期間，學校停辦。

1979年8月，學校復校，改為中國首都醫科大學。

1981年，學校成為全國博士學位和碩士學位授予權單位。

1985年，學校改為中國協和醫科大學。

2012年9月，學校入選國家級大學生創新創業訓練計劃；11月，入選教育部、衛生部第一批“卓越醫生教育培養計劃”項目試點高校。

2013年5月，學校入選國家第一批臨床醫學碩士專業學位研究生培養模式改革試點高校。

2017年9月，北京協和醫學院入選國家“雙一流”世界一流學科建設高校。

2018年11月，北京協和醫學院等9所“雙一流”建設高校聯合組建了醫學“雙一流”建設聯盟。

2019年12月，北京協和醫學院等6所醫學院校牽頭成立北京卓越醫學人才培養高校聯盟。

2019年12月，中國醫學科學院在北京發布了《2018年度中國醫學院校科技量值報告》，北京協和醫學院綜合排名位列前10位。

2021年12月26日，北京協和醫學院馬克思主義學院揭牌成立。

2024年6月12日，北京協和醫學院腦和類腦學院揭牌成立。 12月，北京協和醫學院醫學人文發展研究院正式揭牌成立。

以上信息源自官網，數據截止至2025年6月，請以官網為準！