新疆農業大學科學技術學院是由新疆農業大學舉辦，利用非國家財政性經費辦學，主要采取銀校合作方式建設，是實施本科學歷教育的獨立學院，屬于非營利性公益事業。學院2005年11月經自治區事業單位登記管理局審批，獲得“二類事業單位獨立法人”資格，法定代表人為獨立學院院長（農大校長兼任），領導班子主要成員由農大任命，班子部分成員、中層干部、職工由學院聘任，實行聘任合同制、聘書制、勞務派遣、合作企業派遣等多種聘任方式。

學院設有機電工程系、建筑工程系、生物科學系、經濟管理系、語言文學系、藝術傳媒系等6個專業系部，并設教務管理部、學生工作部、組織人事部、黨政辦公室、圖書閱覽中心等11個部門機構。學院擁有33個本科專業，涵蓋理、工、農、經、管、文、醫等8個學科門類。2012年4月學院經自治區學位委員會審核獲批學士學位授權單位。

2020年10月25日，新疆維吾爾自治區教育廳發布公告稱，新疆農業大學科學技術學院終止辦學，原學校并入新疆農業大學。