山西醫(yī)科大學的前身是山西醫(yī)學傳習所，1919年創(chuàng)建于古城并州。1932年改為私立山西川至醫(yī)學?？茖W校。1940年更名為山西大學醫(yī)學專修科。1946年升格為國立山西大學醫(yī)學院。1953年獨立建校，更名為山西醫(yī)學院。1996年更名為山西醫(yī)科大學。目前學校已成為一所以醫(yī)學為主，醫(yī)工結(jié)合、醫(yī)理結(jié)合、醫(yī)文結(jié)合、醫(yī)管結(jié)合，協(xié)調(diào)發(fā)展的醫(yī)科大學，擁有以本科教育為主、本碩博多層次的完整人才培養(yǎng)體系，形成了“醫(yī)理博精、德能高邃”校訓(xùn)、“獻身、務(wù)實、團結(jié)、進取”校風和“求實精進、堅韌弘毅”的山醫(yī)精神。

學校是全國第三批、山西省首批博士學位授權(quán)單位，全國首批碩士學位授權(quán)單位，全國首批學士學位授權(quán)單位，教育部首批“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃”試點單位，國家中西部高?；A(chǔ)能力建設(shè)工程支持高校。學校是新中國最早建立核醫(yī)學專業(yè)的高校之一，是全國衛(wèi)生系“老六所”之一、全國 18所高水平公共衛(wèi)生學院建設(shè)高校之一，是首批教育部批準建立法醫(yī)學專業(yè)的高校之一，是全國首批恢復(fù)兒科學本科專業(yè)的8所醫(yī)學院校之一。學校獲贈2019年9月6日在天安門廣場升起的國旗?！凹t石榴”工作室被中共中央、國務(wù)院授予“全國民族團結(jié)進步模范集體”。

學校現(xiàn)有國家重點學科——生理學，教育部重點實驗室——細胞生理學實驗室、煤炭環(huán)境致病與防治重點實驗室，省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心——分子影像精準診療協(xié)同創(chuàng)新中心，國家衛(wèi)生健康委重點實驗室——塵肺病重點實驗室，國家級示范中心——臨床技能實訓(xùn)中心、基礎(chǔ)醫(yī)學實驗教學中心、臨床教學培訓(xùn)示范中心，國家臨床重點專科——重癥醫(yī)學、泌尿外科學、中醫(yī)護理學、骨科學、腎病學、普通外科學、老年病學、急診醫(yī)學、風濕免疫學、護理學、病理學、眼科學、心血管內(nèi)科、神經(jīng)外科，呼吸內(nèi)科。還有一級學科設(shè)有博士后科研流動站——臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學、特種醫(yī)學、生物學，一級學科博士學位授權(quán)點——特種醫(yī)學、臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學、基礎(chǔ)醫(yī)學、護理學、藥學，博士專業(yè)學位授權(quán)點——臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學，一級學科碩士學位授權(quán)點——特種醫(yī)學、臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學、基礎(chǔ)醫(yī)學、口腔醫(yī)學、護理學、藥學、醫(yī)學技術(shù)、馬克思主義理論、心理學，碩士專業(yè)學位授權(quán)點——臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生、護理、藥學、應(yīng)用心理、社會工作、圖書情報。

學?，F(xiàn)有國家一流本科專業(yè)建設(shè)點——臨床醫(yī)學、預(yù)防醫(yī)學、法醫(yī)學、藥學、護理學、麻醉學、口腔醫(yī)學、醫(yī)學檢驗技術(shù)、兒科學、基礎(chǔ)醫(yī)學、臨床藥學、衛(wèi)生檢驗與檢疫。國家級特色專業(yè)建設(shè)點——臨床醫(yī)學（五年制）、臨床醫(yī)學（農(nóng)村定向免費生）、護理專業(yè)為教育部首批國家“本科教學工程”地方高校本科專業(yè)綜合改革試點專業(yè)。學校設(shè)有臨床醫(yī)學（五年制、“5+3”一體化）、預(yù)防醫(yī)學、法醫(yī)學、口腔醫(yī)學、兒科學、醫(yī)學影像學、麻醉學、護理學、精神醫(yī)學、眼視光醫(yī)學、藥學等本科專業(yè)。

1919年8月，山西中醫(yī)改進研究會創(chuàng)辦山西醫(yī)學傳習所，所內(nèi)教職員多為研究會理事、名譽理事等兼任。所址初在國民師范學校東院，后遷入新民中街（川至醫(yī)專）新址。山西醫(yī)學傳習所學制為一年半，共招3期7個班。1922年2月，學制改為兩年，共招3期6個班。至1926年12月，傳習所共有畢業(yè)生640人。

1921年8月，醫(yī)學傳習所改名為“山西醫(yī)學專門學校” （傳習所各班繼續(xù)辦），學制四年，招生對象為有中等學校八學期程度者，共招生3班，畢業(yè)106人。

1928年8月，學校改名為“山西醫(yī)學?？茖W校”，至1930年8月，招收4個?？瓢啵?個中醫(yī)班，2個西醫(yī)班，4個班共畢業(yè)學生214人。

1932年1月，學校改名為“私立山西川至醫(yī)學專科學?！?，學制仍為4年，中西醫(yī)兼授。

1934年6月，學校變?yōu)橹魇谖麽t(yī)課程。

1940年，私立山西川至醫(yī)學?？茖W校并入山西大學，更名為山西大學醫(yī)學專修科。

1946年8月，學校改為國立山西大學醫(yī)學院。

1949年8月，太原市軍管會作出決定，在山西大學醫(yī)學院與山西省立川至醫(yī)學?？茖W校合并的基礎(chǔ)上，將長治白求恩國際和平醫(yī)學?？茖W校及省立高級助產(chǎn)職業(yè)學校同時合并到山西大學醫(yī)學院。

1953年，全國進行院系調(diào)，高等教育部批準山西大學醫(yī)學院獨立建院，更名為山西醫(yī)學院，歸衛(wèi)生部領(lǐng)導(dǎo)，省衛(wèi)生廳代管。

1954年，學校改由省教育廳管理。

1990年8月，省政府同意將正在籌建的山西省汾陽高級護理學校改為山西醫(yī)學院汾陽?？撇?，歸山西醫(yī)學院直接領(lǐng)導(dǎo)和管理。

1996年，國家教委和省政府批準將山西醫(yī)學院更名為山西醫(yī)科大學。隨之山西醫(yī)學院汾陽?？撇扛臑樯轿麽t(yī)科大學汾陽學院。

2000年4月，省教委同意該校成立山西醫(yī)科大學職業(yè)技術(shù)學院。同時，省教委批準設(shè)立了山西醫(yī)科大學大同學院。該學院設(shè)在大同醫(yī)學?？茖W校屬山西醫(yī)科大學的二級學院。

2002年，省政府批準山西醫(yī)科大學與山西中日友好學院聯(lián)合舉辦山西醫(yī)科大學晉祠學院作為山西醫(yī)科大學的二級學院。

2003年2月，省政府批準山西醫(yī)科大學與運城衛(wèi)生學校聯(lián)合舉辦山西醫(yī)科大學運城學院；8月，省政府批準山西醫(yī)科大學與晉中市衛(wèi)生學校聯(lián)合舉辦山西醫(yī)科大學晉中學院。

2018年3月，山西省編辦批準臨汾市人民醫(yī)院、運城市中心醫(yī)院、太原市中心醫(yī)院、忻州市人民醫(yī)院、呂梁市人民醫(yī)院、晉中市第一人民醫(yī)院、太原市精神病醫(yī)院（山西省精神衛(wèi)生中心）等7所三級甲等地市級醫(yī)院或?qū)？漆t(yī)院成為山西醫(yī)科大學直屬附屬醫(yī)院。

2020年2月21日，山西省編辦批復(fù)太原市第四人民醫(yī)院成為山西醫(yī)科大學直屬附屬醫(yī)院，名稱為“山西醫(yī)科大學附屬肺科醫(yī)院” ；10月19日，山西白求恩醫(yī)院掛牌成為山西醫(yī)科大學直屬附屬醫(yī)院，名稱為“山西醫(yī)科大學第三醫(yī)院”。

2023年5月，山西醫(yī)科大學-清華大學醫(yī)學院前沿醫(yī)學協(xié)同創(chuàng)新中心成立。

2024年10月19日，由山西省紅十字會和山西醫(yī)科大學聯(lián)合成立的“南丁格爾工作室”揭牌，該工作室為山西省首個。

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