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東院位于浦東陸家嘴金融貿易區內,于1999年10月建成投入使用,占地86875m2,建筑面積206859m2;西院位于黃浦區中央商務區內,毗鄰外灘,占地7811 m2,建筑面積31959m2;南院位于閔行區浦江鎮,緊鄰世博家園,于2012年12月建成投入使用,占地68497 m2,建筑面積82590m2;北院位于巨野路靈山路,占地6667 m2,建筑面積17350m2,于2013年7月全面啟用;腫瘤所位于斜土路,總建筑面積7523m2,由癌基因與相關基因國家重點實驗室、腫瘤流行病學研究室、十三個相關的研究課題組、輔助部門公共服務平臺與《腫瘤》雜志編輯部組成,于2010年10月與仁濟醫院正式“院所合一”。
近年來,醫院申請到的科研項目及專利逐年遞增,包括國家級的973計劃、863計劃、國家自然基金(重大、重點)項目等,其中2013年科研經費達1.48億元。醫院還獲得多項國家科技進步獎、中華醫學科技獎、高等學校科技進步獎等;先后共有幾百人次入圍各級人才培養計劃,包括973首席科學家、長江特聘教授、衛生部有突出貢獻中青年專家、國家杰出青年、上海市領軍人才等。
醫院設有50個臨床醫技科室:消化科、心內科、血液科、風濕病科、老年病科、呼吸科、腎臟科、神經內科、內分泌科、腫瘤科、腫瘤介入科、康復科、急診科、核醫學科、放射診療科、泌尿科、胃腸外科、膽胰外科、乳腺外科、骨科、心血管外科、胸外科、血管外科、神經外科、功能神經科、肝臟外科、整形外科、麻醉科、中醫科、兒科、眼科、婦產科、婦科腫瘤科、生殖醫學科、五官科、頭頸外科、皮膚科、感染科、口腔科、營養科、放射科、超聲醫學科、病理科、檢驗科、藥劑科、輸血科、內科門診、健康保健中心、變態反應科、重癥醫學科。
截止2013年底,醫院共有在編職工2511人(不含南院),其中正、副高級職稱專家328名;博導57名、碩導148名。
醫院開放床位460張,配有3.0T多源磁共振、雙能量能譜CT、專用介入磁共振、腦功能刺激儀、功能影像分析系統、分子影像分析軟件等醫療設備。