醫院是全國肝膽病防治技術示范基地、全國妊娠乙肝防治示范基地,被批準為國家藥物臨床試驗機構、國家中醫藥管理局中醫藥防治傳染病重點研究室、江蘇省博士后創新實踐基地。醫院同時是江蘇省傳染科醫療質量控制中心、省中西醫結合肝病研究中心、省病毒性肝炎診療中心、省重癥瘧疾診療中心、南京市消化病臨床醫學中心。感染性疾病科為國家級臨床重點專科,感染性疾病學為江蘇省醫學重點學科。傳染科、腫瘤科、婦產科、普通外科、結核科為江蘇省省級臨床重點專科,中西醫結合科為江蘇省示范中醫科,肝病科、腸道及其他傳染病科、檢驗科、醫學影像科、重癥醫學科為南京市臨床重點專科,中心實驗室為南京市醫學重點實驗室。
近五年獲科研成果38項,其中部級獎2項,省科技進步獎5項,省衛生廳新技術引進獎14項,南京市政府科技進步獎5項。已完成省部級科研項目6項。承擔國家自然科學基金13項,國際合作項目1項,國家重點專項3項,省部級項目28項。編寫專著40部,獲專利證書24項。發表SCI論文173篇(最高影響因子59.558),中華系列期刊論文83余篇。
設有中西醫結合科、肝病免疫科、肝病內分泌科、兒童青少年肝病科、疑難和重癥肝病科、肝硬化治療中心、肝臟腫瘤治療中心、消化科、腎內科(血透中心)、心血管內科、血液科、神經內科、老年醫學科、肝膽胰外科、胃腸外科、甲乳外科、整形外科、胸外科、泌尿外科、神經外科、骨科、麻醉科、放療科、頭頸胸部腫瘤科、腹部腫瘤科、產科、婦科、重癥醫學科、急診科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚科、體檢中心、檢驗檢測中心(檢驗科、分子與基因診斷實驗室、輸血科)、臨床科研中心(中心實驗室、生物樣本庫)、病理科、功能檢查科(超聲影像科、心電圖、肺功能、腦電圖、肌電圖)、醫學影像科、介入室、藥學部、臨床藥物研究室、腔鏡中心等臨床醫技科室。門診設有相應的專科及專家特色門診。
現有在職職工1350人,其中衛技人員1181人,高級職稱人員231人,博士25人,碩士研究生290人。有江蘇省醫學領軍人才3人,省醫學重點人才2人,省“333”工程人才12人,江蘇省有突出貢獻中青年專家和拔尖人才1人,江蘇省“六大人才高峰7人;南京市有突出貢獻中青年專家和拔尖人才5人。有南京中醫藥大學、東南大學、南京大學等高等院校博導、碩導共48人。