杭州馬寅初故居建于清末民國初,系三層磚木結構樓房,總占地面積為461平方米,原屬馬星竹所有,1936年馬寅初購買并居住。1951年5月,馬寅初被任命為北京大學校長,離杭赴京。之后,此樓房使用者屢有更換,1993年始由浙江省文史研究館使用。2000年7月省委辦公廳在浙委辦發[2000]34號文件中向中共中央辦公廳、國務院辦公廳提請由浙江省馬寅初人口福利基金會在馬寅初故居建馬寅初紀念館。同年10月中共中央辦公廳秘書局、國務院辦公廳秘書局復函同意建立馬寅初紀念館。
2003年,浙江省馬寅初人口福利基金會開始修繕整理原故居,并籌建馬寅初紀念館,2004年9月,馬寅初紀念館正式向社會公眾免費開放。修繕后的杭州故居基本保持了原貌,現一樓和二樓辟為展廳,并恢復了馬寅初的書房和臥室。館內展出馬寅初各個時期的照片、史料、著作及手跡,分“負笈西洋”“民族衛士”“共商國是”“一代宗師”“人口宏論”“堅持真理”“光耀人間”等10個專題,展示馬寅初百年絢麗人生。展廳陳列的書桌、書柜、臺燈、高凳和躺椅、輪椅及陳列的衣帽等等,均為馬寅初生前使用的原物。
馬寅初杭州故居于2000年7月列為杭州市文物保護單位,2005年3月列為浙江省文物保護單位。2006年5月,被國務院公布為第六批全國重點文物保護單位。
在籌建和管理過程中均得到省委省政府及有關部門的支持和幫助,有一個健全負責的領導班子,聘任首屆中華人口獎獲得者徐愛光為館長,并配備專職副館長,建有理事會,領導班子健全。紀念館有一套完整的管理制度,做到常年免費開放,無館休日,并招聘數名素質較高的講解員。馬寅初紀念館已成為具有鮮明時代特征、豐富人文內涵的愛國主義教育基地、科學精神的傳播基地和青少年社會實踐基地。
竹屋杭州共三層,是一幢不規則中西式磚木結構花園別墅,造型獨特,結構精致。三樓陽臺正南墻上方鐫刻著“竹屋”二字,故此幢小樓亦稱“竹屋”。竹屋是馬寅初于1936年購買的住宅,1937年因戰爭離開,1946年、1947年、1949至1951年在此居住。任浙江大學校長期間也在竹屋居住。馬寅初的部分經濟學論著和演講稿在竹屋撰寫。其間,馬寅初撰寫了《資本主義與社會主義相互影響》《向王若飛諸同志學習》等20余篇文章。還在浙大、上海滬江大學等發表了《關于目前之經濟危機》《經濟與民主》等20余場演講。1946年6月13日,馬寅初在杭州20多所學校聯合召開的“反對內戰,反對賣國”的集會上發表演講,并與學生一起冒雨游行。1949年8月26日,他被任命為解放后浙江大學第一任校長,9月赴北京出席全國第一屆政協會議,會上被推選為中央人民政府常務委員和財政委員會副主任,還兼任華東軍政委員會副主席。1951年,接任北京大學校長,至此離開。
馬寅初紀念館一二樓均為展廳,展出大量圖片資料和實物,觀眾普遍反映史料翔實,內容豐富。展廳內還配有2套多媒體,可連續播放200分鐘,成為展版的補充和擴展。在2樓展廳中還配置了42吋等離子電視,可以為參觀團隊播放馬寅初電視劇及專題片。該館還印刷了中、英、日3種文字的小折頁,編印《馬寅初紀念館專刊》,免費發放。除了接待來紀念館參觀的觀眾,該館創立流動紀念館,制作活動展板,視頻短片,到社區學校去播放。2008年,紀念館被列為杭州市青少年第二課堂活動基地。