醫院對醫療質量精益求精,國家、省級臨床重點專科,省級質量控制中心,省級臨床醫學研究中心等,星羅棋布在南昌大學二附院56個臨床醫技科室,56朵醫學之花競相開放,代表了江西臨床醫學的最高水平。2018年,南昌大學二附院又以江西第一的成績入選國家疑難病癥診治能力提升工程(心腦血管領域),心腦血管領域診療水平位居全國前沿。
目前,心血管內科是二附院最具代表特色的科室,是醫院首個國家臨床重點專科,是衛生部首批認定的心律失常、冠心病、先天性心臟病介入診療培訓基地,心臟猝死-Burugada 綜合征世界著名研究組織接受的首家中國研究注冊單位,在心臟病基礎研究方面已躋身世界前列。心血管介入技術在全省一路領跑,其中心律失常介入治療、結構性心臟病的介入治療、冠心病介入治療技術達到國內領先水平。
江西省唯一榮獲“全國五一勞動獎狀”的醫療單位,唯一的“最佳醫療雇主”,“全國文明單位”、“全國百姓放心百佳示范醫院”、“全國城鄉醫院對口支援工作先進集體”、“ 全國第一批節約型公共機構示范單位”、“全國城市醫院有突出貢獻先進集體”、“全國城市醫院文化建設先進集體”。
南昌大學第二附屬醫院領先及建設學科13個,江西省市共建學科7個。
目前已擁有國家“萬人計劃”百千萬工程領軍人才、衛生部有突出貢獻中青年專家、享受國務院特殊津貼專家、國家級百千萬人才、中國醫師獎獲得者、井岡學者特聘教授、贛鄱英才領軍人才、江西衛生系統高層次人才等一大批國內外知名專家學者和學科領軍人物。