始建于梁天監二年(503),距今已1400多年。唐代興盛佛教,德宗時翰林學士陸贄舍宅筑基,名福業院,后改稱報國院。宋代大中祥符元年(1008)改稱承天院,政和七年(1117)改稱能仁院。元順帝至正十六年(1356)毀于兵燹,明洪武二十四年(1391)改稱為能仁教寺,正統二年(1437)重修,清乾隆二年(1737)稱能仁禪寺。
能仁寺殿宇宏偉,氣勢雄渾,四周環水,占地70余畝。寺院座北朝南,略顯長方形,主要建筑物分布于一條南北軸線及其東西兩側,山門直對天仙橋。山門往北為金則殿、大雄寶殿、華嚴閣。金剛殿前有參天銀杏兩株及磚塔一對。大殿東偏為紀念陸贄建有宣公祠,西偏為魯班殿、功德林。大殿前為鐘樓和鼓樓。寺院周圍僧房棋布,禪室羅列。共有十二禪房,僧眾百余人,為遠近聞名的大寺院。
能仁寺閱歷千載,幾經興衰,也有許多感人故事。清朝末年,一場無情大火,能仁寺又不幸被毀。當時中醫沈季良妻邱氏身披袈裟,背負韋馱佛像,手持木魚沿街三步一跪叩至外埠南當鎮化緣集資,歷經49天,終于感動富室獲得資助,重建大雄寶殿。1938年日軍入侵,能仁寺又被大火焚毀。幸存的遺址只有華嚴閣臺基與蠶皇殿,近年有關單位進行重建。不久我們可重見能仁寺昔日的雄姿。
桂林能仁禪寺的前身是原廣西省佛教會所在地。1939年初,年富國強、才華橫溢的道安法師應桂林僧俗禮請,從南岳祝圣寺來到桂林主持法會,追薦抗戰以來死難同胞,祈禱世界和平。法會圓滿后,道安法師應請留在桂林主持中國佛教會廣西省分會的工作。其時,身居要職的廣西靖西專員黃昆山夫婦崇道安法師為師皈依三寶后,發大心于1938年8月在原殘豐不堪的地藏庵附近購地十數畝,交道安法師主持募款建大雄寶殿,作為廣西省佛教會永久辦公地址,至1944年11月桂林淪陷,人員大疏散前夕,經道安法師5年多的艱苦努力,廣西省佛教已建成大雄寶殿、觀音殿、彌勒殿、方丈室、山門等建筑,成為桂林市一個新的弘法道場。
1940年秋,巨贊法師從南岳衡山輾轉來到桂林,任廣西省佛教會秘書長,并于當年12月15日同道安法師一道創辦、主編、出版《獅子吼月刊》 ,以桂林為實驗基地開展“新佛教運動”,歷時一年多??箲饎倮跋?,桂林慘遭日軍飛機狂轟濫炸,全城98%以上的房屋被毀,而廣西省佛教會幸賴佛力加被得免于難。抗戰勝利后,道安法師從外地返回桂林,繼續艱難主持省佛教會。后來,由于戰云密布、時局動蕩,道安法師輾轉赴臺發展,駐錫于臺北松山寺。
1949年后,廣西省佛教會自行解體。1950年桂林市進行社團登記時,廣西省佛教會所在地以桂林市佛教會的名義進行登記,負責人先后有釋自禪 、釋海圓、釋自如、釋明德等?!拔母铩逼陂g,佛教會所在地被多家單位瓜分、占用,佛教蕩然無存,大雄寶殿和觀音殿內不聞梵唄清音。1986年9月,在市政府協助下,桂林市第一屆佛教徒代表大會召開,正式成立桂林市佛教協會,確定原廣西省佛教會所在地定名為“桂林市能仁禪寺”,能仁禪寺院住持慧玉當選為市佛教協會會長;在市政府負責遷走占用寺院的工廣后,由比丘尼慧玉法師主持募緣維修能仁禪寺,寺院作為比丘尼道場管理。1992年10月慧玉法師圓寂后,由從法法師接任能仁禪寺住持至今。