1985年，從安徽師范大學畢業后考取廣西農學院分子遺傳學研究室碩士研究生。
1988年，從廣西農學院（現與廣西大學合并）碩士畢業。
1989年，赴英國英國約翰·英納斯中心攻讀博士學位。
1992年，獲得英國英國約翰·英納斯中心博士學位后，在英國劍橋大學植物科學系從事博士后研究工作。
1998年，回國后擔任中國科學院國家基因研究中心研究員、課題組長。
2001年，擔任中國科學院國家基因研究中心主任。
2002年 - 2012年，擔任中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所副所長。
2014年，擔任中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所所長。
2006年，被列入“上海市領軍人才培養計劃”。
2008年 - 2012年，擔任中國科學院北京基因組研究所副所長。
2012年，擔任中國科學院上海生命科學研究院副院長。
2013年，增選為中國科學院院士。
2014年，當選為發展中國家科學院院士。
2017年，獲得全國創新爭先獎。
2003年12月28日，項目《水稻基因組第四號染色體測序及分析》榮獲“上海市科學技術進步獎一等獎”。
2007年12月，項目《水稻第四號染色體測序及功能分析》榮獲“國家自然科學獎二等獎”。
2017年，項目《水稻高產優質性狀形成的分子機理及品種設計》榮獲“國家自然科學一等獎”。
