1953年，就讀于廣東實驗中學。
1960年，畢業于北京醫學院（現北京大學醫學部）并留校任教。
1960年7月至1971年8月，擔任北京醫學院（現北京大學醫學部）放射醫學教研組助教。
1971年9月至1974年4月，擔任廣州醫學院第一附屬醫院內科住院醫師。
1974年4月至1978年8月，擔任廣州醫學院第一附屬醫院內科主治醫師。
1978年9月至1982年12月，擔任廣州醫學院第一附屬醫院內科副主任醫師、講師。
1979年至1981年，赴英國愛丁堡大學醫學院及倫敦大學呼吸系進修。
1983年1月至1986年12月，擔任廣州醫學院副教授（于1985年后被指定為中央領導保健醫生）。
1986年12月至1995年，擔任廣州醫學院呼吸內科教授、碩士生導師。
1987年12月至1992年10月，擔任廣州醫學院第一附屬醫院院長。
1992年5月至2002年12月，擔任廣州醫學院院長、黨委書記。
1992年2月至1997年12月，擔任廣州醫學院附一院廣州呼吸疾病研究所副研究員。
1995年8月，擔任北京大學醫學部呼吸內科教授、博士生導師。
1995年10月至1996年10月，公派到加拿大蒙特利爾市麥吉爾大學做訪問學者。
1996年5月，當選為中國工程院院士。
1997年12月至1999年12月，擔任廣州醫學院附一院廣州呼吸疾病研究所主任醫師。
1999年12月至2012年10月，擔任廣州醫學院附一院廣州呼吸疾病研究所教授/副所長。
1998年6月，擔任中國工程院醫藥衛生工程學部副主任。
2003年，“非典”爆發，以鐘南山為代表的醫護工作者經長期努力，抗擊了非典。
2005年4月，當選中華醫學會第23屆會長。
2007年，獲英國愛丁堡大學榮譽博士學位。
2007年10月，擔任呼吸疾病國家重點實驗室主任。
2009年7月，擔任貴州醫科大學名譽院長。
2010年，獲澳門科技大學榮譽博士學位。
2012年10至2013年7月，擔任廣州醫學院附一院廣州呼吸疾病研究所教授/常務副所長。
2013年7月至今，擔任廣州呼吸疾病研究所所長。
2020年1月，新型冠狀病毒聯防聯控工作機制科研攻關組第一次會議，鐘南山任組長。
1997年，當選為中共十五大代表。連任第八、九屆全國政協委員。
2008年，當選第十一屆全國人大代表。
鐘南山先后受聘為世界衛生組織醫學顧問、國際胸科協會特別會員、亞太分會理事。現任中華醫學會顧問、廣州呼吸疾病研究所所長、廣州醫學院院長、廣州市科協主席、廣東省科協副主席、香港中文大學（深圳）理事會成員等職。兼任中華醫學會理事和廣東、廣州分會副會長、中華醫學會呼吸學會副主任委員等職。
1984年，被授予中國首批國家級有突出貢獻專家稱號。
1990年，被評為中國全國衛生系統優秀留學回國人員。
1992年，獲中國全國衛生系統模范工作者稱號。
1995年，被評為中國全國先進工作者（即全國勞模）并榮獲全國五一勞動獎章。
1997年1月，被中共廣州市委授予“模范共產黨員”的稱號。
2003年，再次被評為中國全國先進工作者（即全國勞模）并榮獲全國五一勞動獎章。
2003年，榮獲“中國醫學基金會華源醫德風范獎”。
2003年6月，因在抗非戰斗的卓越表現，被廣東省委、省政府授予唯一一項特等功。
2003年，被廣州市授予“抗非英雄”榮譽稱號。
2004年，被評為“感動中國2003年度十大人物”之一。
2004年4月，被授予中國國內衛生系統的最高榮譽稱號——白求恩獎章。
2009年9月，被評為“100位新中國成立以來感動中國人物”。
2010年12月，被評為中國“十佳全國優秀科技工作者”。
2016年6月，榮膺中國工程界最高獎項——第十一屆光華工程科技獎成就獎。
2018年11月，入選100名改革開放杰出貢獻對象。
2018年12月，黨中央、國務院授予鐘南山同志改革先鋒稱號，頒授改革先鋒獎章，并獲評“公共衛生事件應急體系建設的重要推動者”。
2019年9月，被評選為“最美奮斗者”。
2019年12月，入選“中國海歸70年70人”榜單。
2020年2月，入選國家健康科普專家庫第一批成員名單。
2020年4月，獲愛丁堡大學首個杰出校友獎。
2020年5月25日，入選2020年廣東省全國先進工作者推薦名單。
2020年5月30日，被廣東省人民政府評為“最美科技工作者”。
2020年，入選全國教書育人楷模候選人名單。
2020年8月11日，獲“共和國勛章”。
