新疆維吾爾自治區維吾爾醫醫院始建于1954年,最初是一個集體所有制的門診部。1976年6月在“烏魯木齊市天山區維吾爾醫聯合門診部”的基礎上成立了烏魯木齊市民族醫院。1989年經自治區人民政府批準,更名為“新疆維吾爾自治區維吾爾醫醫院”。該院隸屬于自治區衛生廳管理。經過50多年的發展,現已成為一所集醫、教學、科研為一體的綜合性三級甲等維吾爾醫醫院。
該院是國家中醫藥管理局認定的三級甲等民族醫院、重點民族醫醫院、中醫藥文化建設試點單位、中醫藥標準化研究推廣基地、維吾爾醫皮膚科、維吾爾醫骨傷科、維吾爾醫婦科、維吾爾醫肺病科、維吾爾醫脾胃病科、維吾爾醫密雜吉科等六個國家民族醫重點專科建設項目建設單位。新疆維吾爾自治區維吾爾醫白癜風診療中心。
醫院設有內科、皮膚科、骨傷科、干保科、理療科等臨床科室,以及維西醫結合的外科、婦產科、急診科、感染科、口腔、手麻科等臨床科室;醫技功能檢查科包括放射科、檢驗科、功能檢查科(心電圖室、B超室)。
目前,該院有國家中醫藥管理局師帶徒指導老師2名,繼承人5名。院級師帶徒指導老師3名,繼承人5名。每年標準化培訓1200人次。培養住院醫師400名,接受實習生150人,進修生100人。該院是與中國中醫科學院對口支援合作單位,建有中國中醫科學院新疆維吾爾醫藥研究基地,中醫/維吾爾醫信息應用聯合研究室,開辦了中國中醫科學院維吾爾醫藥方向研究生課程,已結業學員85名。