通慧禪林始建于清初,原為化城寺東序寮房之一,咸豐年間毀于戰火后于光緒七年(1881)重建。寺院坐落于九華街東側芙蓉路20號,建筑群由五座徽派民居式殿宇組成,呈現粉墻黛瓦的典型風格。1988年比丘尼仁義傾盡積蓄主持重修工程,歷時兩年恢復道場規模。現寺內供奉有中國佛教史上首尊比丘尼肉身菩薩——仁義師太全身舍利,成為九華山第十二尊真身菩薩的供奉地。
寺院依東崖西麓地勢而建,整體呈現坐東朝南的朝向特征。主體建筑包含:
山門殿:單檐硬山頂結構,門額嵌'通慧庵'石匾。
大雄寶殿:二層樓閣式建筑,一層供奉釋迦牟尼佛,二層設悅珠殿供奉仁義師太肉身菩薩。
寮房區:南北兩廂各設十二間僧舍,保持清代寮房原有布局。
醫方明殿:陳列仁義師太生前使用的醫療器械與行醫證件。
寺院地處九華街東端入口主干道。門前古松為九華山"四大名松"之一的棲鶴松,樹齡逾四百年。后院保存明代摩崖石刻'無垢泉'遺跡,泉水經檢測含鍶量達0.82mg/L。寺院東南側存有清初僧塔三座,其中誦林禪師塔建于順治年間。
明末清初有進士出家為僧,法號誦林,在此結茅禪修。清順治年間正式建寺,康熙時期納入化城寺東序寮房管理體系。咸豐年間(1851-1861)戰亂中殿宇遭毀,光緒七年(1881)由法輪法師主持重建。1950年代寺院被占用,文革期間再次遭到破壞。1986年寺院產權歸還佛教協會,1988年比丘尼仁義主持全面修繕工程,歷時兩年恢復三進院落格局。
1995年11月,住持仁義師太圓寂后實行坐缸儀式。1999年1月開缸時呈現全身舍利狀態,成為漢傳佛教首尊比丘尼肉身菩薩,其真身現存于大雄寶殿二層玻璃佛龕內。寺院現存清康熙年間《化城寺東序寮房田產簿》原件,記載寺院鼎盛時期擁有山田七十八畝。現代詩僧轍園留有詩句"白云為體空為家,夢幻學禪寄九華",鐫刻于寺院照壁。
1949年,仁義師太(俗名姜素敏)在此剃度出家。1988年重返九華山主持寺院重建。1995年圓寂前七日停止進食,每日僅飲白開水。2018年寺院啟動數字化保護工程,對清代建筑構件進行三維掃描建檔。