傳言1：轉基因食品中的主要營養成分、微量營養素及抗營養因子的變化，會降低食品的營養價值，使其營養結構失衡。
真相：不同的轉基因作物，其目標不同。最初的轉基因作物的目標在于抗蟲、抗病、抗除草劑，對營養成分沒有實質改變。黃金大米這一類營養加強型的轉基因作物則是提升了其營養價值。所以，在對轉基因食品進行安全評估時，會對各種成分的變化進行詳細分析。“科學家們認為，外來基因會以一種人們目前還不甚了解的方式破壞食物中的營養成分。”這句話純屬對轉基因技術和監管不了解而產生的臆測。
傳言2：轉基因食品改變了我們所食用食品的自然屬性，它所使用的生物物質不是人類食品安全提供的部分，未進行長時間的安全試驗，沒有人知道這類食品是安全的。
真相：轉基因食品是眾多新型食品的一種。對于新食品如何驗證安全性，科學界已經有一套相當高效完善的流程。這一套檢驗措施可以把微小的危害在短期內展現出來。而人們通常所說的“吃幾十年”、“吃幾代人”的食品反倒只是經驗之談。
傳言3：1994年的一份報告聲稱，發現一種新的不明原因的病癥，主要表現為嗜酸性肌痛。臨床表現有麻痹、神經問題、痛性腫脹、皮膚發癢、心臟出現問題、記憶缺乏、頭痛、光敏、消瘦。后查明系日本一公司生產的基因工程細菌生產的色氨酸所致。食用者在3個月后發病，導致37人死亡，1500人局部麻痹，5000多人發生偶爾性無力。
真相：這一事件目前還沒有得到完全清楚的解釋。問題發生的時候，除了更換基因工程細菌菌株，還升級了純化流程。目前比較廣為接受的解釋是在色氨酸的純化過程中出了問題。實際上，色氨酸在此前已經使用了多年，并沒有出現問題，而且那些色氨酸也是基因工程細菌生產的。在廠家改進了純化流程之后，美國重新批準了色氨酸的銷售，也沒有再出現同樣的問題，而此后所用的色氨酸也是由基因工程細菌生產的。
傳言4：插入到轉基因大豆里的基因可以轉移到生活在我們的腸道細菌的DNA里去，并繼續發揮作用。這意味著，吃Bt玉米制成的玉米片，會把我們的腸道細菌轉變成生活著的農藥制造廠，可能直至我們死為止。
真相：我們吃的各種食物中都充滿了各種各樣的細菌。如果Bt玉米中的Bt基因能夠轉移到腸道細菌的DNA里去，那么，我們吃的食物中所附帶的那些天然細菌的基因也可以。比如，蔬菜中就有把硝酸鹽轉化成亞硝酸鹽的細菌，按照這種思路，我們的腸道細菌就變成了亞硝酸鹽的加工廠了。
傳言5：在轉基因操作中，含有從細菌中提取的基因的食品有可能導致過敏現象的擴展，使人發生過敏反應，。比如，科學家將玉米的某段基因加入到大豆、小麥和貝類動物的基因中，蛋白質也隨基因加了進去，那么，以前吃玉米過敏的人就可能對這些大豆、小麥和貝類食品過敏。
真相：這個傳言混淆了“基因”和“蛋白質”的關系。蛋白質是基因的表達產物，基因不會導致過敏，蛋白質才有可能。過敏檢測是轉基因食品安全評估中的一個重要組成部分。這個導致過敏的可能在轉基因食品開發和安全審核過程中會被排除掉。
傳言6：轉基因大豆里，被生物科學家植入了飽和脂肪基因。這些基因導致轉基因大豆生產出來的豆油，在進入人體以后，會形成大量的飽和脂肪，增加了血液的血黏稠度，為脂肪肝、高血脂、腦血栓等重大心腦血管疾病埋下慢性定時炸彈。
真相：沒有任何一種轉基因大豆里被植入飽和脂肪基因，這樣的食品完全沒有市場價值，沒有人會去開發。飽和脂肪對健康的影響與是否屬于轉基因食品完全無關，奶油、豬油、牛油、棕櫚油“天然”就含有大量飽和脂肪。
傳言7：一些研究學者認為，對于基因的人工提煉和添加，可能在達到某些人們想達到的效果的同時，也增加和積聚了食物中原有的微量毒素。這些毒素可引起人類急、慢性中毒或產生致癌、致畸、致突變作用。
真相：上述傳言中的“基因的人工提煉和添加”“增加和積聚了食物中原有的微量毒素”，屬于莫須有的說法。轉基因作物的代謝途徑和產物是要經過詳細分析評估的，發生了什么變化完全可以得到跟蹤和掌控。
傳言8：在一次實驗室研究中，一種蝴蝶的幼蟲在吃了含桿菌基因的馬利筋屬植物的花粉之后，產生了死亡或不正常發育的現象，這引起了生態學家們的另一種擔心，那些不在改良范圍之內的其他物種有可能成為改良物種的受害者。
真相：這項研究已經被學術界認定為實驗設計存在根本缺陷，結果完全不可靠。
傳言9：作物的抗農藥基因有可能通過花粉傳給其他妨礙農作物生長的野草，這可導致除草劑的濫用，引起土壤板結，土質變壞，加重環境污染。轉基因抗蟲作物產生的殺蟲物質，如果把害蟲都殺死了，必然破壞自然界固有的食物鏈，打破生態平衡，對生態系統產生不利影響，最終影響到人類自身。
真相：轉基因作物有各種各樣的目標，抗除草劑只是其中一種。“基因漂移”確實是轉基因環境評估中的重點內容。這種風險有多大、如何降低和控制，這是轉基因作物在獲得種植許可之前需要完成的工作。每一種轉基因作物都是一個“個案”，在經過科學家和主管部門的評估審查之后，認為其風險在可控范圍內的，才能獲得批準。而種植抗蟲抗病的轉基因作物，減少了農藥的使用，更有利于環境保護。
