1、開水消毒酸奶機容器，經常有人容易忽略這個問題或者覺得不重要，其實如果這一步沒做的話就很容易影響酸奶的效果，開水消毒才能將酸奶機里雜菌清除干凈。
2、菌種選擇，常用的菌種有純酸奶和酸奶發酵劑。
比較常見的是用純正原味的益生菌酸奶做為發酵源，要詳細查看生產日期，越近越好；然后混合鮮奶，將兩者以1：10（酸奶：鮮奶）的比例放入酸奶機內，記得要攪拌均勻，然后插上電源。
或者酸奶加適量菌粉攪拌均勻即可。（一般菌粉袋子上都會寫明用量）
3、設置發酵時間，一般來說用純酸奶作為發酵源時，其發酵時間在6—8小時左右，如果用酸奶發酵劑作發酵源時大約在8—12小時間，但是它會受周圍氣溫的影響，如果氣溫過低的話，它所需要的時間也相應更長，但是用純酸奶作為發酵源最好不要超過10小時，用酸奶發酵劑作發酵源時最好不要超過14小時。
4、到了設置時間后，查看酸奶，如果其呈現凝固狀，證明已經制作成功。
5、將做好后的酸奶放入冰箱進行冷藏，冷藏時間為24小時，風味會更好，當然，你也可以根據自己的口味和愛好在里面加入調料，蜂蜜、果汁、糖等都不錯。
自制酸奶的基本原理就是在牛奶中接種乳酸菌，讓它在合適的溫度（常用40-42度）下大量繁殖，把牛奶中的乳糖成分分解成乳酸。因為乳酸，牛奶發酵液的酸度逐漸下降，到pH值大致達到4.6左右的時候，牛奶中的酪蛋白就會緩慢地沉降下來，形成細膩的凝凍。其他雜菌雖然也存在于牛奶當中，但它們的數量和乳酸菌相比實在太少，成不了氣候。而乳酸菌產生的乳酸和其他抗菌物質，也讓雜菌們感覺十分不舒服，無法大量繁殖。這樣就保證了酸奶的安全性。
家庭制作酸奶最好用酸奶機。因為它可以提供穩定的溫度，保證旺盛繁殖的一定是目標的乳酸菌，而不是其他的雜菌。酸奶機的溫度是40-42攝氏度，正好是制作酸奶所用的保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌的最佳繁殖溫度。多數致病菌的適合繁殖溫度是20-37攝氏度，它們不喜歡40度以上的高溫。如果溫度差異較大，則有可能造成雜菌的繁殖增加，安全性下降。
用菌粉或市售酸奶來做菌種均可。用菌粉時，加入的是冷凍干燥的菌種，它們在溫暖環境中能夠“蘇醒”過來發揮作用。用市售酸奶時，一定要注意買最新出廠的冷藏酸奶，因為隨著儲藏時間的延長和儲藏溫度的上升，其中活菌數會不斷下降，影響制作酸奶時的效果。一定要注意，那些常溫下銷售的酸奶就不要用來做種了，因為它們不是經過殺菌無法提供活菌，就是活菌數已經嚴重下降，不能保證制作酸奶的安全性。
酸奶制作的基本要求是有足夠多的保加利亞乳桿菌（L）和嗜熱鏈球菌（S），所以買兩種基本菌的菌粉即可。其他的保健菌，如嗜酸乳桿菌（A）、雙歧桿菌（B）、某些乳酪乳桿菌（C）的菌株等，研究證明它們如果能夠定植在人體大腸中的話，的確對健康有益。不過，如果需要這些菌的好處，前提是發酵后能夠有足夠的活菌數。
可是，這些菌的最適發酵條件不一定和前面說的這兩種基本菌一樣。特別是雙歧桿菌，它們屬于嚴格厭氧菌，也就是說，一見到氧氣就會死亡。所以，一般家庭的酸奶制作過程很難得到活的雙歧桿菌。因此，不必對菌種中的保健菌期待太高。
一般來說，作為菌種的市售酸奶加入量在10%左右比較合適。比如說，發酵500克牛奶，用50克（小杯酸奶半杯）就可以了。這樣的量，是為了讓乳酸菌一開始就建立絕對的數量優勢，能有足夠的能力壓制各種其他雜菌，即便是經驗不足的人，也能保證酸奶制作成功。在工業生產中，因為操作比較規范，菌的活力比較強，菌種使用量占待發酵牛奶的1-2%就可以了。
如果用購買來的菌種自己做酸奶，可以再用來做菌種發酵兩三次，如果用市場上的酸奶做種，最多可以再用一兩次。想增加使用次數、降低制作成本，前提是做酸奶的操作足夠規范，同時還要保證用來做種的自制酸奶質量足夠高。
在用上一次的酸奶做菌種的時候需要注意，酸奶的味道必須純正，而且要足夠新鮮。味道純正表明沒有污染太多其他雜菌，發酵適度、及時冷藏、沒有久存的酸奶中菌的活力也還比較高。如果發酵過久，或者做好后沒有及時冷藏、或者冷藏時間太久，則酸奶中的活乳酸菌數量就會下降。假如發覺酸奶的味道有了酒味，或者有類輕微的霉味，那就說明已經污染了大量雜菌，堅決不能再用了。
做酸奶之前，假如不是用剛從滅菌利樂包里倒出來的奶，最好把原料奶加熱一下，加熱到60-80度，不沸騰但是可以殺滅大部分細菌，然后再降到40多度（手摸著略有點燙，但不覺得燙得難受），然后再接種。做酸奶的盒子和加菌種的勺子等也要用沸水燙一下，或者在做酸奶的杯子、盒子里放一勺水，在微波爐里轉一下，用熱蒸汽殺掉上面沾染的微生物，盡量減少雜菌的污染機會。
如果是用同樣的菌種來制作酸奶，菌種的用量也一樣，那么酸奶的凝固情況，取決于乳酸菌的生長速度和牛奶中蛋白質的含量和質量。
同樣在剛剛凝凍的狀態下進行比較，牛奶的蛋白質含量較高、分子量較大的時候，制作出來的酸奶凝凍比較“結實”，稠度大；反之，牛奶蛋白質含量過低，或者分子量較小，凝凍狀況就會比較脆弱，甚至無法凝凍。牛奶蛋白質的分子量本來非常大，如果分子量變小，通常是因為原料奶中微生物含量過多，那么微生物分泌的蛋白酶也會太多，蛋白酶就像剪刀一樣，會把蛋白質的大分子切碎。如果牛奶中含有過多的抗生素，乳酸菌難以快速繁殖，那么酸奶凝凍的速度也會比較緩慢，甚至難以凝凍。
所以，某種意義上來說，一種牛奶（不考慮添加增稠劑的情況）做成酸奶的速度又快，稠度又好，說明它的品質令人滿意。
奶粉加上水，就是復原乳，可以用來做酸奶。前提是加水的量合適，大概一份無糖純奶粉要加7份水，像普通牛奶那樣加入菌種就可以發酵成功。只要用的是優質的奶粉，成品酸奶的質量并不遜色于普通新鮮牛奶做的產品。
需要注意的是，甜味奶粉中含有大量的白糖，稀釋了蛋白質的含量，所以需要少加一些水，讓蛋白質含量達到純牛奶的水平，才能做出酸奶凝凍。一般來說1份甜奶粉加4-5倍水就行了，具體比例可以看產品的蛋白質含量來定。比如說，奶粉的蛋白質含量是18%，那么1份奶粉加上5倍水之后，蛋白質含量就是3%，正好和普通牛奶一樣。
一般嬰兒配方奶粉的蛋白質含量較普通牛奶低，乳糖含量卻要高得多，如果按普通奶粉那樣來加水，是無法做出合格酸奶的。所以，加水量要降低到給嬰兒食用時的三分之一為好。由于乳糖含量非常高，所以做出來的酸奶會比較酸一些。而一歲以上較大寶寶的奶粉的蛋白質含量已經接近普通牛奶，因而可以用來做酸奶，略減少一點加水量就可以。
低脂酸奶很好做，只需要用脫脂奶粉或低脂牛奶做為原料，正常加入菌種發酵就可以了。乳酸菌們很適應低脂肪的生活。如果想加入其他不飽和脂肪也沒問題，比如在做酸奶的時候在低脂奶原料中加入杏仁油、橄欖油、亞麻籽油等攪勻，然后都可以正常發酵。
理論上說，做酸奶完全用不著加糖。只是這樣做出來的酸奶乳酸味道很尖銳，多數人感覺難以接受。一般來說，只要酸奶凝固就算是發酵完成。很多人把酸奶放在那里發酵十幾個小時，因為發酵時間過長，產酸的數量過度，酸味會更濃。加糖可以平衡糖酸比，令口味酸甜適口。但因為加糖會降低酸奶的健康價值，并增加熱量值，所以通常推薦盡量少加糖，讓酸奶的酸味不那么難受，能夠下口，就可以了。市面上的酸奶通常加糖比例在7-10%之間，而家制酸奶的加糖量可以低到3-4%，就能讓人吃下去。甚至有少數人能承受完全不加糖的酸奶，很多國家也有這樣的酸奶產品銷售。
酸奶制作過程中，乳酸菌們并不會分解蔗糖，它們只會分解乳糖。所以，先在原料奶中加入白糖再發酵，做好之后的甜味并不會減少。
為了使酸奶有適口甜味，同時又不會吃進去太多白糖，一個解決方案是直接加切碎的水果干。因為水果干雖然含糖高達60-80%，但它們同時含有大量的鉀、鐵、膳食纖維和抗氧化物質等健康成分，在健康角度上說，比用白糖增添甜味要合算很多。
酸奶發酵過度的時候，凝凍會發生收縮，容易出現黃色的水。在儲藏過程中，也會出現凝凍不斷收縮變形，黃色的水不斷滲出的情況。這種黃色的水就是所謂的“乳清”，運動員用來增肌的乳清蛋白粉和配制嬰兒奶粉用的乳清粉，就是從乳清里面提取出來的。它無毒無害，除了含有容易吸收的蛋白質，還富含鈣和維生素B2。實際上，黃色就是因為富含維生素B2的緣故。所以，一定不要把這些黃色的水扔掉。
自制酸奶最好及時放在冰箱中冷藏，如果一次吃不完，每次用干凈勺子舀出來一部分吃，余下的仍然放在冰箱當中為好。建議保存時間不超過3天。隨著保存時間的延長，凝凍會不斷收縮，析出乳清，口感會慢慢變差。
其實，酸奶發酵過程中，凝固是有過程的。剛剛凝固的時候，酸奶的質地最為細膩，表面極為平整，用勺子舀起來吃時，質地比較粘稠。如果在凝固之后繼續保溫發酵，就會發現酸奶的表面出水，或者有小的凹陷，質地也變得不那么細膩，酸味過濃，活菌總數也會逐漸下降。所以，做酸奶的時候要注意多打開觀察幾次，只要凝固了就要及時取出來放入冰箱冷藏。冷藏一夜會讓酸奶的香味變濃，這是因為微生物雖然在低溫下停止產酸，卻會產生香氣物質，讓酸奶比剛做好的時候更加美味。
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