由于肛瘺會帶來膿狀的物質從肛門處流出來，這樣就會對肛門造成很大的刺激，長期下來就會有瘙癢的感覺，而且肛門周圍的皮膚本身就比較脆弱，長期受到刺激的話，會導致皮膚變色，甚至有脫落的現象。
肛瘺的患者，瘺管引流會存在一定的阻礙，一般情況下，患者不會感覺到疼，但是如果病情嚴重了，引流不暢程度加深，不僅僅外口的部位有腫脹感，疼痛感也會隨之而來，在行走的時候癥狀會尤為強烈。
肛瘺最主要的癥狀就是表現在排便困難，這也是患者通常最先發現的癥狀之一，因為瘺管圍繞肛管，形成半環狀纖維索環，因而影響肛門舒張，可出現排便不暢。
肛瘺實際上屬于肛周膿腫的并發癥，由于肛周膿腫沒有得到及時的治療，導致肛瘺的出現。癥狀表現為流膿，液的多少會根據瘺管的長短、大小而不同。如果肛瘺是新生成的則流膿比較多，膿稠，味臭，色黃，以后逐漸減少，時有時無，呈白色，質稀淡。
主要是針對復雜性的肛瘺和結核性的肛瘺患者而言，因為發病時間已經非常長了，所以會出現消瘦、貧血、便秘等全身性的癥狀。
肛周膿腫自行潰破或切開引流后造成。
外傷、吞咽骨頭、金屬，肛門體溫計，肛門鏡檢查等損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起。
肛門裂反復感染可并發皮下瘺。
內痔注射誤入肌層或手術后感染，產后會陰縫合后感染，前列腺、尿道手術后感染等，均可波及肛門直腸引起膿腫及瘺。
既往報道結核病并發結核性肛瘺者甚多。高達26．9%，近年來明顯下降為4%～10%。主要為吞咽結核菌引起，少數也可血行感染引起。
是形成糜爛及潰瘍的大腸炎癥性疾病，主要侵害黏膜及黏膜下層
克羅恩病伴發肛瘺者高達14%～76%。
直腸肛管癌波及深部并發肛瘺。
糖尿病、白血病、再生障礙性貧血等病，因機體抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘺。
淋巴肉芽腫，放射菌病，尾骶骨髓炎，直腸、乙狀結腸憩室炎等也可引起肛門直腸膿腫及瘺。
肛瘺有間歇期和發作期。間歇期會完全沒有癥狀，這時可以不用藥。發作期出現流膿、紅腫、疼痛等癥狀，如果不能馬上手術，也可以采取藥物治療暫時緩解癥狀。
（1）外治用消腫止痛洗劑坐浴，外涂金黃膏。
（2）使用抗生素，急性發作期可以使用抗生素，但一般不要超過一周。
（3）中藥內服，用萆薢滲濕湯加化毒除濕湯加減，伴發熱用仙方活命飲。
（1）切開引流：肛瘺發作期合并感染，此時因身體其他因素不能手術，可以在感染灶表面切小口引流或注射器抽膿處理。這種方法效果立竿見影，但只是暫時緩解，日后還需再行根治手術。
（2）置管或掛線引流：對高位瘺或多瘺管的復雜瘺，沒有把握手術，但為了防止病情加重或蔓延，可以在瘺管內放置引流管或引流條，每天藥物沖洗，雖不能根治，但可以控制病情。
（3）肛瘺切開術：肛瘺最經典與最主流術式，90%以上低位肛瘺的治療采用此方法。
（4）瘺管剔除術：對瘺管完全粘連、較細的低位肛瘺，探針無法探入，可以采用剔除術。
（5）主灶切開支管曠置術：適用于各種復雜性肛瘺。操作時首先要對主灶進行定位，及內口和肛管處的瘺管，這部分采取直接切開。對外口行擴創。打通外口與主灶間的瘺管，并放置引流條或引流管。術后7～10天左右拆除。
（6）掛線術：適用于高位肛瘺。掛線術是目前國內外治療高位肛瘺的最主要方法。以線代刀行慢切割，在切斷肛瘺管壁的同時，造成斷端的炎癥粘連，防止回縮，可以適當起到保護肛門功能的作用。但缺點是，疼痛明顯，尤其是還需要二次緊線，療程相對較長。
（7）雙向等壓引流術：適用于高位肛瘺和復雜性肛瘺。采取半切割掛線，可有效保護肛管的核心結構“肛直環”術中不被完全切斷，在保證療效的前提下，有效保護了肛門功能不受破壞。
（8）瘺管填塞術：考慮到切開和剔除術都會斷開瘺管經過的肛門括約肌，國內外嘗試采取一些特殊材料來填塞瘺管，可以不傷及肛門肌肉而治愈肛瘺。這些材料包括纖維蛋白膠、用凍干豬小腸黏膜下層脫細胞基質制作的生物修復栓等。本方法應用條件非常苛刻，瘺管完整、暢通，內外口清晰的低位瘺。術后填塞劑流出或出現感染，治療將失敗。目前尚不能作為一種替代療法在臨床廣泛應用。
（9）Lift術：該術式是2007年Arun等提出，全稱是1igationofintersphinctericfistulatract，中文意思是“括約肌間瘺管結扎術”，可用于低位瘺的治療，優點是不切開瘺管，但治愈率低。作為對保肛術式的一種探索，由于無肛門失禁風險，文獻報道的成功率14%～60%
（10）VSD負壓封閉引流技術：負壓封閉引流技術（vacuumsealingdrainage，VSD）是一種處理各種復雜創面和用于深部引流的全新方法。近年來國內外諸多學者將其應用于各種急慢性復雜創面的治療取得了良好的效果。肛腸科近年來有些單位開始應用，效果有待進一步驗證。高位肛瘺的治療需要更多的探索，VSD技術在其他外科領域已取得良好效果，可以嘗試在高位肛瘺、大范圍的肛周膿腫治療中應用。缺點是患者活動受限，肛門還要排便，這都給該技術在肛腸科的應用設置了障礙。
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